cufflinksの結果をcuffmergeで統合し、cuffdiffでサンプル間のFPKMを比較するところまで自動化 cuffmerge_diffスクリプト #!/bin/sh #tophat_resultsディレクトリを引数として実行 # cd "$@" ls */*/transcripts.gtf > transcripts.gtf.txt #アノテーション…

フルパス付きとか拡張子とか気にせずにすべてドラッグ＆ドロップでできるようにスクリプトをブラッシュアップ tophat_cufflinks2 #!/bin/sh #アノテーション情報を含むgtfファイル read -p "annotation infomation (full path) = " gtf #リファレンスファイ…