ということなのでgunzipとパイプで連携を考える mkfifo temp1.fastq mkfifo temp2.fastq gunzip -c hogehoge_1.fastq.gz > temp1.fastq & gunzip -c hogehoge_2.fastq.gz > temp2.fastq & bowtie -1 temp1.fastq -2 temp2.fastqこれでうまく走ることを確認し…

どっちもMacならhomebrewからインストールできる。 Trimmomaticは素でインストールするとjarなので $ java -jar /hogehoge/trimmomatic-0.36.jarとしなければならないがそれらもまとめてスクリプト化されているようで、普通に trimmomatic PE hogehogeで動い…