kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2017-06-30から1日間の記事一覧

bedtoolsでdepth of coverageを書き出す

$ cat A.bed chr1 0 20 chr2 0 20$ cat B.bed chr1 0 2 chr1 0 4 chr1 0 10 chr1 5 15 chr1 12 20 chr2 1 4 chr2 3 10 chr2 2 15というbedファイルが有ったとする。 $ coverageBed -d -a A.bed -b B.bed > cov.bed もしくは $ bedtools coverage -d -a A.bed…