kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2017-07-19から1日間の記事一覧

DEXSeqもう一度

今回は完全にDEXSeqだけのレシピでまずやってみる。 http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DEXSeq/inst/doc/DEXSeq.pdf 環境はHGCのスパコン。pythonの環境は構築したのでRについてちょっと整備。 これまでRはローカルのMacでやっていた…

rMATSによる解析(HGCスパコンの環境構築)

rMATS http://rnaseq-mats.sourceforge.net/user_guide.htm#output これに従ってやってみる。 サンプルデータはSRSF10のknockdownとcontrol STARのindexが必要とのことなのでダウンロード http://rmaps.cecsresearch.org/STAR/STARindex.tgz 70GB以上ある巨…