現在のところ処理したいファイルが多数あり、それを同時進行で一気に処理を進める方向で並列化を設定している。 つまり、QC→トリミング→マッピングという流れを実験１〜ｎまで同時並行で実施するスクリプトを書いている。 実験をcsvファイルの表にしておき、…

このスクリプトだと多分数時間以上かかると思われるのでもっと並列化を目指す。 ちょうどHGCのサイトに参考になるスクリプトがあった https://supcom.hgc.jp/internal/mediawiki/アレイジョブでbwaの重い処理を分割手順としてはfastqファイルを分割 fastqは4…