kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2018-02-09から1日間の記事一覧

cufflinksのFPKMを遺伝子ごとに集計して、サンプル間で比較する。

常法的にはcuffdiffでFPKMを比較し、cummeRbandでグラフ化するのだけど、サンプル数が多いと処理もけっこう大変になってくる。とりあえずFPKMを遺伝子ごとに集計して並べて見れるようにしてみることにする。cufflinksで出力される値に幾つか項目を加えてテー…

sqlのDBからグラフを作って表示

集計してテーブルを作って、個々のデータから生データであるBAMを参照することはできるようになったが、テーブルを眺めていてもそれ以上進まないので、テーブルからグラフを描かせていきたい。https://qiita.com/5t111111/items/3d9efdbcc630daf0e48f この辺…