さて、ちょっと変則的にRNAseqデータからsnpを検出すべく、あれこれやっているわけだが、 普通にゲノムデータでSNV解析するならBWAでマッピングしてsamtools mpileupと行くのだろうが、ここをHisat2でマッピングしてmpileupと持っていこうと思う。 で、samba…