kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2018-06-04から1日間の記事一覧

bamファイルから抽出

mappingを行ったbamファイルから更に絞り込みをかけてやる。 具体的にはSNV、INDELを持つreadを取り除いて100%matchしたreadだけにしたい。基本はsamtools viewでbamを開いて、grepやawkで整形をすることになるだろう。bamはバイナリなので中身が見れないが…