以前BEDToolsのcoverageBedでdepthを各塩基ごとに求める方法を書いた。 $ coverageBed -a genome.bed -b sample.bed -dというのが基本書式だ。 genome.bedはreference.fasta.faiから $ awk '{print $1"\t0\t"$2}' reference.fasta.fai > genome.bedという感…