Torqueでジョブを投げると、errorとoutputが処理がすべて終わった後に書き出される。 しかし、何時間もかかる処理が果たしてちゃんと走っているのか心配になるので、できれば普通にスクリプトを走らせるときのように画面にstdoutを出しておきたいこともある…

通常RNA-seqしたらreferenceのfastaファイルを使ってmappingして発現解析なりするわけだが、referenceが完備されていない種のseqはどうするのか？ 近縁種のreferenceを使う、というのが簡単な手段なわけだが、今回mappingしてみるとmap rateが30％くらいしか…