kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2019-05-14から1日間の記事一覧

pythonでABIのシークエンスデータをゴニョゴニョする

シークエンスファイルとかfastaファイルとかMacのApEとかで開いてどうにかするのがだんだん億劫になってきた。 pythonでどうにかあんなことやこんなことができないかと調査中abifpy · PyPIまあこんなモジュールでも使えばどうにかなりそうな感じ。 引き続き…

multi FASTA (DNA)からmulti FASTA (Amino Acid)を機械的に作成する

やりたいことは 複数の遺伝子のcDNA情報をまとめて記載したFASTA形式のファイルがあったとして、それをアミノ酸に翻訳し、clustalw等でアライメントを作成する。 cDNA情報はUTRを含んでいたりいなかったりまちまちである。 フレームを3フレームともチェック…