kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

Linux

PXEブートのまとめ

PRIMERGY RX200をネットワークブートでディスクレス運用するまとめ。まず、クライアント側でPXEブートに使うネットワークポートを確認し、BIOSでPXE enableに設定する。PRIMERGYの場合デフォルトで1つのポートだけPXE対応に設定されているはず。(2つ両方…

php MARIADB phpmyadminのインストール

前にもやったが、記憶が曖昧になっているため、整理。まずはphpのインストールから。 # yum install epel-release # rpm -Uvh http://rpms.famillecollet.com/enterprise/remi-release-7.rpm # yum install --enablerepo=remi,remi-php70 php php-mbstring p…

TeraStationのNFSの設定

アマゾンで超破格で12TBのTeraStationが売っていたので、怪しいと思いつつも導入してみた。ラックマウントの4HDDのNASで、HDD無しで売っている某メーカーの価格くらいで3TBx4ついてきた感じ。 早速設定をしてNFSでマウントしてみると、どうも挙動がおかし…

NFSで解析用ディレクトリを共有する

serverが2台になったのでとりあえず一つのディスク領域を共有してデータ解析を分散させたい。そのために入出力するデータの置き場は1箇所にまとめておきたいのでnfsサーバを立ててそこに共有フォルダを置く。 server2(10.0.1.101)にnfsサーバーを立て、serve…

TORQUEジョブスケジューラをインストールする。

最終的にはヘッドノードを独立させて、計算ノードはネットワークブートで運用しようと思うが、まずは2ノードでそれぞれHDDでブートして一方がヘッドノードも兼ねるという構成で構築実験をしてみようと思う。https://qiita.com/yf_xa/items/6042619a5d1a3decf…

CentOS7のインストール再び

server2にもHDDを入れることにしたので、インストール再び。server1のHDDをserver2に差し替えてみたら、SAS raid コントローラの型番が違っていてraidがぶっ壊れてしまったので、server1の方も再インストールのおまけ付き。まずは最小インストール。ネットワ…

IPマスカレード

ずいぶん昔、まだ世の中にネットワークルータというハードウェアがほとんどなく、あったとしてもマニアックな超高級品であった時代、Linux-boxをルータとして使うIP-Masqueradeを組んだ・・・というのがLinuxとの最初の出会いであったなあ・・・(遠い目時代…

クラスタにするかただの並列にするか

https://qiita.com/yubais/items/7c40227a17569dc9d412http://www.kurobuti.com/linux_server/?page_id=58 ディスクレスクライアント https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=pxe&f=4まずは入れてみる。 最初に導入したサーバーのイーサネットポ…

redmineのインストール

少人数とはいえいくつかのプロジェクトが同時に走っていて、かつそのなかのルーチンワークなどを数人の研究補佐員さんに手伝ってもらっている状況で、人員の配分がいまひとつ整理されていない状況を打破するべく、グループウェアのようなものを導入してみよ…

テスト運転

さて、早速 見せてもらおうか、富士通の中古サーバーの性能とやらを (注:ガ◯ダ◯って実は殆どみたことないんだが)大体270MBくらいのfastq.gzファイルを4つ trimmomatic SE \ -threads $cpu -phred33 -trimlog log.trimlog \ ./fastq_files/"$samp"_"$exp"…

CentOS7にNGS関連のソフトウェアをインストール

まずとにかくyumでwgetとnanoだけは入れておく。そのうえでlinuxbrewを入れてしまえば、ほぼ問題なく殆どの環境が構築できてしまった。 http://linuxbrew.sh Linuxbrewのインストール方法は上のサイトのままでOK幾つかのソフトは $ brew tap brewsci/science…

CentOS7にすることにした。

CentOS6.2にて環境構築を試みるも、やっぱりちょっとあちこち古くて、構築に難儀しそうだったので、最新の7を入れることにした。そうしたところ自分の知っているコマンドと色々変わっているらしく、それはそれで色々苦労しそうな予感。まずはネットワークの…

自前鯖ゲット

というわけで出来心から中古ラックマウントサーバマシンを入手してしまった。 富士通のPRIMERGYシリーズで、5年保守期間が切れて市場に出たものの、大量に売れ残って投げ売りされている2010年ごろのモデル RX200 S6がそれだ。 http://jp.fujitsu.com/platfo…

D&Dの挙動

引数としてファイルをD&Dした場合 dd_test.sh #!/bin/sh dd_data=$@ echo $dd_datahoge1.txtというファイルをD&D $ dd_test.sh '/home/hogehoge/hoge1.txt' /home/hogehoge/hoge1.txt' 'なしで返ってくる 途中でreadコマンドで読み込む場合 dd_test1.sh #!/b…