kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

R

exome analysisの環境構築

HGCのスパコンにてJava PATHの通っているバージョンはjava version "1.7.0_131" 1.8が必要なソフトのためにaliasを設定しておく alias java1.8="/usr/local/package/java/current8_32/bin/java"java version "1.8.0_141"csvkit (python) $ pip search csvkit…

cummeRbundのエラーの件

メイン環境のiMacでcummeRbundが言うことを聞かなくなって暫く経つ。 現在、諸般の事情でサブ環境のMacbookAirで作業をしているのだが (主要な解析はスパコンやクラスタマシンを使用、グラフィカルな出力のあるRの部分はできるだけ手元のMacでやりたい) こ…

cummeRbundバージョンアップしてバグ?

なにやらcummeRbundが使えなくなった。急に。 cuffdiffのデータ処理をミスったかと思ったが、以前に解析したデータでも同じエラーが出て止まってしまう。 > cuff <- readCufflinks("~/expression/SRSF10/hisat_results/cuffdiff_result") Creating database …

RNAseqデータの解析 RでcummeRbundその2

サンプル間で有意な遺伝子発現の差(p > mySigMatrix <- sigMatrix(cuff, level = 'genes', alpha = 0.05) > mySigMatrix > library("psych") > setwd("/Users/hogehoge/expression/cuffdiff_results") > cuff_data <- read.table('/Users/hogehoge/expressi…