kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

CRISPRでknockoutを作ったときにgenotypingをsanger sequenceすることで行う

CRISPRでINDELを誘発したゲノム配列が、実際どういうふうに編集されたかを確認するのにわざわざNGSをつかうのはちょっと大げさなので普通のsangerシークエンサーでシークエンスを読んで確認をしたい。しかし、変異は普通ヘテロに入るので、変異が入った部分…

塩基配列(文字列)のどこにリストに挙げた配列が位置しているかを示すプログラム

モチーフの抽出ができたらそれが一体どこにあるのか列記したい。 import re text = """GACTTTAGATGGCTTCTTCCTTTATAACCAATTGATATTGCATACTCTGATGAGATTTAT AATTAAAGAAGCAGAAACAAAAACAAGTAAAACAGAAACAATCAACACAGAGAAACCACC CCGAGAATATCTCCATTGGTTGGTGACTGATATCCC…

画像の白飛びをなんとかしたい

カメラの露出制御はマニュアルで行えるらしい。Atelier Orchard: ホワイトバランス設定してウェブカメラ録画 なるほど。 というわけでmotionの画面を見ながら明るさやコントラストの調節を手動でできるようにアプリを作成。こんな感じにコントロールできるよ…

avconv (ffmpeg)でmp4ビデオを作成してwebに埋め込む

いやーはまったはまった。 ラズパイ3で作ったwebカメラアプリを3+に入れてやったところ、ほんの数ヶ月の間にソフトウェアの構成がかなり変わったらしく、いろいろ言うことを聞かない。 最後まで手こずったのはタイムラプスで撮った写真をパラパラ漫画的にビ…

連番で同じ処理をさせるためのリストを作る

ファイルを連番を付けて作成していてそれに同じ操作を全部やるとき、excelで編集してコマンドリストを作っていたが、shellでやるほうが簡単なので、その覚え書き seq -w 0 42 | xargs -i echo "python3 seq.py TAIR10_cdna_20101214_updated.fa.split/TAIR10…

塩基配列(文字列)からコンセンサス配列を抽出するプログラム

要するに文章からよく出てくる単語をピックアップしてカウントし、リストを作れれば良い。 辞書型を使って単語を数えるプログラムはpythonのプログラム例としてよく上がっているが、単語の区切りが明確でない遺伝子配列のような文字列から指定文字数の連続し…

homebrewにエラー

いつの頃からか $ brew update fatal: unable to access 'https://github.com/brewsci/homebrew-bio/': error setting certificate verify locations: CAfile: /home/linuxbrew/.linuxbrew/etc/openssl/cert.pem CApath: /home/linuxbrew/.linuxbrew/etc/ope…

motion.confの改変内容メモ

############################################################ # Daemon ############################################################ # Start in daemon (background) mode and release terminal (default: off) daemon on ##########################…

ラズパイでタイムラプスカメラの続き

さて、fswebcamで定期的に写真を撮っていくということで動作も軽く、問題なくどんどん画像が溜まっていくということは確認できた。 しかしやはりカメラとしてはファインダーがないのはちょっとつらい。写真撮ってビューワーで見てカメラ動かして・・・という…

ラズパイでタイムラプスカメラ

研究絡みで植物のタイムラプスムービーをつくりたいという話があったので、それならWEBカメラとラズパイでちょちょいでしょ、ということになってやってみた。まずは参考にしたサイトから RaspberryPiとUSBWebカメラでタイムラプス | Foolean – 備忘録風雑記…

ラズパイをネット環境の無いところでiphoneから直接接続して操作

というのをやりたいので調査。karaage.hatenadiary.jp これかな。要するにアクセスポイントとして動くようにしてついでにdhcpdを入れておくということね。

Pythonの環境を一旦リセットする

どうもややこしくていけないのだが、systemに入っているpython は2.6とかなりふるい目。なので自前でpython3を入れて使いたいわけだが バージョンの使い分けにpyenvというものがある。更にはvirtualenvというものもある。 しかしよく考えると、バージョンを…

value serverでレンタルサーバー

某大学内でサーバを建ててあれこれやっているが、外部からアクセスできるようには、なかなかさせてもらえないので、学外にサーバを建てることにした。 といっても、物理サーバを管理することもできないので、レンタルサーバでお茶を濁す。 とにかく料金が安…

redmineのインストールでつまづく

redmineをインストールしようとして Redmineが依存するgemパッケージをインストールのため # bundle install --without development test --path vendor/bundle としようとすると、途中で Gem::Ext::BuildError: ERROR: Failed to build gem native extensio…

NETGEAR GS716Tv3でVLAN その2 自作LANケーブルを疑え

とりあえずの設定ができて2つのVLANにclusterとLANを分離したのだが、なにやら挙動が安定しない。 LANから外のウェブにアクセスしようとするとどういうわけかpublicではなくinternalの方から接続しようとして つながらなかったり、逆にネットにはつながるの…

wgetでディレクトリごとダウンロード、でもparent directoryはいらないよ

$ wget -r -np http://hogehoge.com/huga/

NETGEAR GS716Tv3でVLAN

なかなか設定に苦労した。 最終的に一番参考になったサイトは beginners-network.com若干機種が違うのでメニュー項目が違っているのだがまず Switching>VLAN>Advanced>VLAN Configuration で、分けたい分のポートのためのVLANを作る。2つに分けたいならとり…

bwa index

毎度忘れるので覚え書き $ bwa index -p dir/index_name reference.fasta

Torqueのerror/outputをリアルタイムにチェックする

Torqueでジョブを投げると、errorとoutputが処理がすべて終わった後に書き出される。 しかし、何時間もかかる処理が果たしてちゃんと走っているのか心配になるので、できれば普通にスクリプトを走らせるときのように画面にstdoutを出しておきたいこともある…

RNA-seq のde novo assembly

通常RNA-seqしたらreferenceのfastaファイルを使ってmappingして発現解析なりするわけだが、referenceが完備されていない種のseqはどうするのか? 近縁種のreferenceを使う、というのが簡単な手段なわけだが、今回mappingしてみるとmap rateが30%くらいしか…

3世代5CPU対決

RX1330M3 E3-1230 v6 3.5GHz 4C8T 224.0GFLOPS 18/11/06 13:06:26 [M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs [M::process] read 1815774 sequences (80000053 bp)... [M::process] read 1833396 sequences (80000011 bp)... [M::mem_process_seqs] Pr…

はてなダイアリーが終了するらしいので、はてなブログへ移行することにする

というわけで引っ越してきた。2018年10月31日19:20現在の訪問者数 1192384ゼロから再スタート。 はてなダイアリーでできていたことがこっちではできなかったりするのな。 結構リンク元参照とか楽しめたのに。思いがけない出会いがあったり。カレンダーから記…

UPSを導入ーterastationとサーバの両方を連動してシャットダウンー

停電や不慮の電源トラブルに備えてオムロンのUPSを導入した。全サーバー群の電源を確保できるような大容量のUPSは高価なため、WEBサービス用データを保持しているヘッドノードとNFSサーバとして使っているTeraStationだけでもつないでおけるようにと、750Wの…

RX300S7インストール覚書

RX300S7にCentOS7をインストール。 計算ノードとして。 300GB SASドライブにシステムインストール。 一般ユーザーは作成しない。 NFSでヘッドノードの/home以下、/usr/local以下をマウント NISでヘッドノードで作成したユーザ情報を共有NFSのホスト:mn-rx13…

bedtoolsでread coverage

bedtoolsでbamファイルのread coverageを求める方法は以前にも書いた。 現在のbedtoolsのバージョン(2.27.1)ではbedファイルではなくbamファイルから直接read coverageを出すことが可能になっている$ bedtools coverage -a referense.bed -b sample.bam > sa…

IGV.jsの使い方は大体つかんだが、時々思うようにいかない

ということでjavascriptベースの他の選択肢もあたってみたい。pileup.js http://www.hammerlab.org/pileup/ これはシンプルでいいかもしれないな。 しかしnpmというパッケージシステムでインストールする?Node.jsってなに?また新しいことをいろいろ覚えな…

Safari12でプラグインが使えなくなったときWEB認証のVPNをどうやって使うか

どうやらSafariがバージョンアップし、adobe flash player以外のプラグインがことごとく使用不能になったらしい。 そこで困ったのが大学のサーバへのVPN接続。 webからVPN接続のための認証を行っていたのに、mac_sslvpnが使えなくなって接続できなくなった。…

reference-guided de novo assembly

ゲノムデータをreferenceにRNA-seqデータをマッピングしているのだが、ゲノムデータで使われているものとはことなる品種のRNA-seqデータをマッピングしてみたところ、かなりたくさんのSNPが含まれていることがわかった。 普通の発現解析なら、SNPがあろうが…

3世代のサーバの能力を検証してみた

ベンチマークソフトを使ってもいいけど、実際に仕事に使うスクリプトを処理するのにかかる時間を計測したほうが意味があるだろう。 ということで、試しにBAMファイルをcufflinksにかけて遺伝子発現量を算出させてみた。 処理してみたBAMファイルは 1, 4.4GB…

NFSとNISがポートを取り合い

あるとき再起動したあと、NISクライアントがuserを受け付けてくれなくなり、ちょっと途方に暮れる。 NISサーバがどういうわけか起動していないので再起動してみたが、エラーが出て起動してくれない。 systemd[1]: Starting NIS/YP (Network Information Serv…