kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

zviファイルをMacで開く。



zeissの顕微鏡カメラAXIOCAMのコントロールソフトであるAxioVisionはWindowsで動くソフトである。MacでこのAxioVisionの標準フォーマットZVIの画像を開けないかといろいろ調べた結果やはりImageJ(NIH Image)で開けそうなことがわかった。

http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/zvi-reader.html

このプラグインをPuluginsフォルダにいれてコンパイルすればいいはずなんだけど、なぜかエラーが出る。で、そのまま無理矢理開こうとしてもheaderがないとかいうダイアログが出るだけで開かない。

さらに調べると

http://www.uhnresearch.ca/facilities/wcif/imagej/index.htm

こういうページを見つけた。

Import image filesという項目にZVIがあるので早速インストールしてみることに。

インストールの説明を見るとMacの場合、

http://www.uhnresearch.ca/facilities/wcif/WrightCellImagingFacility%203/software/ImageJ_WCIF_plugins_only.zip

ここからファイルを落とせと書かれているが、このリンクは切れており

http://www.uhnresearch.ca/facilities/wcif/imagej/Software/ImageJ_WCIF_plugins_only.zip

ここにあった。

で、説明の通り既存のImageJのフォルダのPulginsに展開してみたのだが、またまたエラーが出て言うことを聞かない。

結局、上記ダウンロードでできたフォルダにImageJの最新版のjarとappを逆にコピーしてやったところちゃんとZVIファイルを開けるようになった。

なんて手のかかることだ。

しかし、これでまた画像操作を自分のMacに持ってきてからできるわけで、ちょっとうれしい。

ただし画像取得を14ビットで行った場合カラー画像としてはそのまま表示されずRGBが分解された形で白黒画像としてスタックされる。

これをカラーで表示させるにはMulti-tiffのときと同様、各スタックを色指定して、RGB Mergeしてやらねばならない。

スタックはどういう訳かB,R,Gの順で保存されているのでスタックをいったん3つのファイルに分割し、各色を指定してやって再合成することになる。この場合、Multi-tiffだとマクロを使って自動処理できたのだけど、zviではどういうわけか同じマクロが使えないので、一つずつ手動でやらねばならないのが面倒だ。