イネの遺伝子の分子系統樹を作成する。
Unrooted phylogenetic tree with branch length (N-J)で、かつ、スケールバー付きの図の作成を目指す。
１、イネ遺伝子の配列情報はRAP-DB（http://rapdb.dna.affrc.go.jp/）から取得。
２、アミノ酸配列への変換をしてからBLASTPにかけるかDNAのままBLASTXにかける。
BLAST→CLUSTALWの連携はゲノムネット（http://www.genome.jp/）が使いやすい。
ただしSAFARIブラウザはウチの環境ではうまく動かない（2013.1現在）のでGoogle Chromeで行う。
３、BLASTによって一覧された遺伝子から、系統樹を描きたい遺伝子を選んでチェックを入れ、CLUSTALWにかける。
４、ゲノムネットのCLUSTALWの結果ページで提供されるtree viewerではスケールバーがついてこないが、Unrooted phylogenetic tree with branch length (N-J)を選択して実行。
次の画面の上部右端の[Tree file]をダウンロードする。
５、NJ plot (http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html)をダウンロードして、Unrooted.appにて系統樹を描画させる。遺伝子名が放射状にならぶのがイマイチ。
pdfとして保存できるので、これをイラストレーターで開いて手直しする。
以上。
３以降の別の手順（DDBJのCLUSTALWをつかう）CLUSTALWのパラメータのデフォルトセッティングが若干異なるため、ちょっと違う図になる可能性がある。
BLASTの結果をFASTA形式で保存する。
４’、DDBJ（http://www.ddbj.nig.ac.jp/）のCLUSTALWのサイトにて解析する。
Download Bootstrapped Tree Fileでダウンロードする。
以降はNJ plotで同じ。
