kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2色法アレイデータの解析

Sample AとSample Bでの発現比較(BよりAで発現の高い遺伝子の抽出)
それぞれ3反復のRNAを抽出し、cy3,cy5で標識。A-cy3,B-cy5のスライドとA-cy5,B-cy3のスライドを作成(dye-swap実験)
各データの数値は生データとする。
解析手順1 A/Bの値を求める(実験ごとの標準化は省略)
各反復のデータより

  A-cy3/B-cy5の比・・・(1)
  A-cy5/B-cy3の比・・・(2)

を計算し、(1)と(2)の平均

   ((1)+(2))/2・・・(3)

を求める。

解析手順2 RankProductによる評価
解析にはMeVを使用する。

1列目にgene ID、(3)の結果を続く3列に並べたタブ切りテキストファイル・・・(4)をexcelで作成しておく。
MeVに(4)を読み込ませ、
Analysis > Statistics >RP
を開く。

デフォルトのone-classタブを選択。
p-Value/False Discovery Parametersタブ内の
 Enter number of permutationsを1000に設定
 OR, The proportion of false・・・0.05に設定し、ラジオボタンを反転させておく。

Target genesタブを開きUp-regulatedを選択

OKをクリック

それなりの時間がかかるのでじっと待つ。
画面左のカラムの中にRP(1)という項目が出来るので、開き、Analysis Reports > Table Views > Positive Significant Genesを見るとq-Valueが0.05以下のものが抽出されている。

この結果のみを取り出す方法が用意されていないようなので、Cmd+Aで全選択してコピーし、excelの新しいシートにペーストする。

Aveでソートして発現倍率順に並べるなど。


続く・・・