続いてtophatとcufflinksにかける
#!/bin/sh #アノテーション情報を含むgtfファイル read -p "annotation infomation = " gtf #リファレンスファイルの指定(拡張子なし) read -p "reference file (without suffix) = " ref_prefix echo "アノテーション情報は$gtf" echo "リファレンスファイルは$ref_prefix.fa" for file in $@ do echo ""$file"についてtophatを実行する" #出力するディレクトリを作る dir_name="${file%.*}" mkdir -p ./tophat_results/"$dir_name" output_dir=./tophat_results/"$dir_name" #echo "出力先は$dir_name" tophat -p 4 -G "$gtf" -o "$output_dir" "$ref_prefix" "$file" echo "---------------------------------------------" echo "accepted_hits.bamを"$output_dir"/"$dir_name"_th.bamに改名する" mv "$output_dir"/accepted_hits.bam "$output_dir"/"$dir_name"_th.bam echo "---------------------------------------------" echo ""$dir_name"_th.bamについてcufflinksを実行する" output_dir2=./tophat_results/"$dir_name"/cufflinks_results cufflinks -p 4 -g "$gtf" "$output_dir"/"$dir_name"_th.bam -o "$output_dir2" echo "---------------------------------------------" done
最初にアノテーションとリファレンスのファイルを対話的に指定し、あとは順次処理していく。
スクリプト名はtophat_cufflinks
トリミングしたfastqファイルのあるディレクトリに移動
$ tophat_cufflinks hoge1_trim.fastq hoge2_trim.fastq hoge3_trim.fastq