qsubでスクリプトを投げると
hogehoge/local/bin/bowtie2-2.3.2/bowtie2-align-s: error while loading shared libraries: libtbb.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory (ERR): Description of arguments failed!
という感じでエラーが出て動かない。
TBB(Threading Building Blocks)がインストールされていないらしい。
そこでbowtie2のソースをダウンロードしてきて、TBBなしでbowtie2をコンパイルし直す。
make NO_TBB=1
とmakeし、パスを新たにできたほうに通してクラスタにスクリプトを投げ直したところ、無事に走り出したようす。
なお、NO_TBBオプション無しでmakeしたものとマッピング結果に差が出ないかも検証した。
bowtie2のパスをそれぞれどちらかだけに通した状態で、おなじfastqファイルをtophat2でマッピングしたところ、完全に同一のalign_summary.txtができていることから、マッピング結果には差が生じないことが確認された。
linuxやOSX用バイナリとして配布されているものと同じ結果になるのかは検証していないが。
今日の使えるコマンド
tailf
エラーログなど、随時書き足されていくファイルをリアルタイム監視する
ctrl+cで終了
