FastQCのコマンドを入れる際
#!/bin/sh list="exp1 exp2 exp3" mkdir -p ./FastQC for file in $list do fastqc -t 8 -q --nogroup -o ./FastQC ./"$file"_1.fastq.gz fastqc -t 8 -q --nogroup -o ./FastQC ./"$file"_2.fastq.gz done
こんな感じだけど
"$file"_1.fastq.gz
このダブルクォーテーションを省略すると何故か動かない
./_1.fastq.gzがないというエラーになる。
特に代入される変数にエスケープすべき文字は入ってないはずなんだけど、なぜかは不明
あと.gzとgzip圧縮されたままでqcかけることもできることがわかった。
- t オプションでスレッド数も指定できて並列処理可能
また-q オプションを入れておけばダラダラと進行状況をログに出されないので、スクリプトがちゃんと動くようになったら-qも入れておくといい。
