TrimmomaticとHISAT2

どっちもMacならhomebrewからインストールできる。
Trimmomaticは素でインストールするとjarなので

$ java -jar /hogehoge/trimmomatic-0.36.jar

としなければならないがそれらもまとめてスクリプト化されているようで、普通に

trimmomatic PE hogehoge

で動いてしまう。