$ cat A.bed
chr1 0 20 chr2 0 20
$ cat B.bed
chr1 0 2 chr1 0 4 chr1 0 10 chr1 5 15 chr1 12 20 chr2 1 4 chr2 3 10 chr2 2 15
というbedファイルが有ったとする。
$ coverageBed -d -a A.bed -b B.bed > cov.bed
もしくは
$ bedtools coverage -d -a A.bed -b B.bed > cov.bed
とすると
$ cat cov.bed
chr1 0 20 1 3 chr1 0 20 2 3 chr1 0 20 3 2 chr1 0 20 4 2 chr1 0 20 5 1 chr1 0 20 6 2 chr1 0 20 7 2 chr1 0 20 8 2 chr1 0 20 9 2 chr1 0 20 10 2 chr1 0 20 11 1 chr1 0 20 12 1 chr1 0 20 13 2 chr1 0 20 14 2 chr1 0 20 15 2 chr1 0 20 16 1 chr1 0 20 17 1 chr1 0 20 18 1 chr1 0 20 19 1 chr1 0 20 20 1 chr2 0 20 1 0 chr2 0 20 2 1 chr2 0 20 3 2 chr2 0 20 4 3 chr2 0 20 5 2 chr2 0 20 6 2 chr2 0 20 7 2 chr2 0 20 8 2 chr2 0 20 9 2 chr2 0 20 10 2 chr2 0 20 11 1 chr2 0 20 12 1 chr2 0 20 13 1 chr2 0 20 14 1 chr2 0 20 15 1 chr2 0 20 16 0 chr2 0 20 17 0 chr2 0 20 18 0 chr2 0 20 19 0 chr2 0 20 20 0
という感じに各base positionのdepth of coverageをカウントして書き出してくれる。
A.bed, B.bedはそのままBAMファイルでもいいらしい。
なお、-dオプションを付けないと
$ bedtools coverage -a A.bed -b B.bed
chr1 0 20 5 20 20 1.0000000 chr2 0 20 3 14 20 0.7000000
となってAの各領域に何個のリードが張り付いたかと、被覆率が示される(Breadth of Coverage )