kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

IGVjsにBAMファイルとゲノムpositionを読み込む

今のところIGVjsをインテグレートできていないが、単独のアプリとしては使い方がわかったのでメモ
スナップショットの通りigv.htmlのtrackListの部分に表示させたいBAMファイルを書いておき、locus:というところに遺伝子名やポジションを12:100000000のように書けばweb上に表示されるということがわかった。
標準状態ではigv.htmlはstaticフォルダに入っていて動的にはいじれないので、これをtemplatesに置けるように設定をいじった上でFlaskのjinja2で動的にファイル名とポジションを入れ込んでレンダリングさせれば良いということだ。
あとはBAMファイルをオンクリックで読み込むことになっているので最初から読み込むように変えれば一手間省けるかな。

ただしインテグレーションはなかなかに厄介かもしれない。