FlaskのextentionのFlask-SQLAlchemyと素のSQLAlchemyはどうやら色々と仕様が異なっている模様。
ネットの情報は素のSQLAlchemyの情報がほとんどなので、Flask-SQLAlchemyにこだわっていると、うまく動かない事が多い。
これはbootstrapのときもそうだった。お手軽にインストールできて、Flask本に書かれたままに組み込んできたせいでかえって身動きが取れなくなっている感じがする。
というわけで、一旦現状でサーバにあげたデータベースはフリーズして、素のSQLAlchemyを組み込むことからやり直してみよう。