$ sqlite3 test.db
sqlite> .show
echo: off
eqp: off
explain: off
headers: off
mode: list
nullvalue: ""
output: stdout
colseparator: "|"
rowseparator: "\n"
stats: off
width:
sqlite> .separator ,
sqlite> .show
echo: off
eqp: off
explain: off
headers: off
mode: list
nullvalue: ""
output: stdout
colseparator: ","
rowseparator: "\n"
stats: off
width:
sqlite> .import /pass/to/test1.csv test1
sqlite> select * from test1;
1,N001,gene1,het,1,1
2,N001,gene1,het,1,1
3,N001,gene1,het,20,1
4,N001,gene1,het,2,1
5,N001,gene2,het,1,1
6,N001,gene2,het,1,1
7,N001,gene2,hom,1,2
8,N001,gene3,hom,20,2
9,N002,gene1,het,1,1
10,N002,gene1,hom,1,2
11,N002,gene4,het,20,1
12,N002,gene5,het,1,1
13,N002,gene6,het,20,1
14,N002,gene7,het,1,1
15,N002,gene8,het,1,1
16,N002,gene9,het,1,1
17,N003,gene10,hom,1,2
18,N003,gene11,het,1,1
19,N003,gene12,het,1,1
20,N003,gene13,het,1,1
sqlite> .header on
sqlite> .mode column
sqlite> select * from test1;
id samp gene zygo count z_id
---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------
1 N001 gene1 het 1 1
2 N001 gene1 het 1 1
3 N001 gene1 het 20 1
4 N001 gene1 het 2 1
5 N001 gene2 het 1 1
6 N001 gene2 het 1 1
7 N001 gene2 hom 1 2
8 N001 gene3 hom 20 2
9 N002 gene1 het 1 1
10 N002 gene1 hom 1 2
11 N002 gene4 het 20 1
12 N002 gene5 het 1 1
13 N002 gene6 het 20 1
14 N002 gene7 het 1 1
15 N002 gene8 het 1 1
16 N002 gene9 het 1 1
17 N003 gene10 hom 1 2
18 N003 gene11 het 1 1
19 N003 gene12 het 1 1
20 N003 gene13 het 1 1
sqlite> .quit
