Macローカルで初期画面をロードしてから、すぐにデータベースを開く操作をしてみると
127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:29] "GET / HTTP/1.1" 200 - elapsed_time:0.0034799575805664062[sec] 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:36] "GET /exome/ HTTP/1.1" 200 - 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:36] "GET /static/fonts/glyphicons-halflings-regular.ttf HTTP/1.1" 404 - 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:36] "GET /static/fonts/glyphicons-halflings-regular.woff HTTP/1.1" 404 - 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:36] "GET /static/fonts/glyphicons-halflings-regular.svg HTTP/1.1" 404 - 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:42] "GET /static/refgene/refGene.hg19.bed.gz?someRandomSeed=0.wl0vm4v4vpr HTTP/1.1" 206 - 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:43] "GET /static/refgene/refGene.hg19.bed.gz?someRandomSeed=0.k6qkne3o8g HTTP/1.1" 206 -
検索は3msで終了し、データを表示し切るまでに１２〜３秒かかっている。
一方のMySQL版
127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:27:46] "GET / HTTP/1.1" 200 - elapsed_time:0.0021729469299316406[sec] 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:27:58] "GET /exome/ HTTP/1.1" 200 - 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:28:02] "GET /static/fonts/glyphicons-halflings-regular.woff HTTP/1.1" 404 - 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:28:04] "GET /static/refgene/refGene.hg19.bed.gz.tbi HTTP/1.1" 404 - 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:28:04] "GET /static/fonts/glyphicons-halflings-regular.ttf HTTP/1.1" 404 - 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:28:05] "GET /static/fonts/glyphicons-halflings-regular.svg HTTP/1.1" 404 -
検索は2msとかなり高速。しかしデータを表示するのに１７〜８秒かかっている。
どうもMySQLは検索は高速だけど、データの受け渡しに時間がかかるらしい。
これはサーバのvirtualmachineノードに置いたとき更に顕著になるようで、MySQL版は表示までにかなりの時間を要し、かなりストレスとなる。virtualでない実機上に置いたときにどうなるかは試してみる価値はあると思うが。
ちなみにサーバのvirtualmachine上でSQLite版だと検索8msで表示完了まで２０秒ほどなので、そもそもMacでローカルに行うほうがかなり速い事がわかる。
後半に幾つか出るエラーをちゃんとハンドリングしたら案外スッキリ表示されるかもしれないな。
