uniqコマンドで抽出作業をしているときに、不用意にデータファイルをmacのエディタで触ってしまうと改行コードがCRに置き換わってしまうことがある。そうするとその後の操作でuniqなどがちゃんと働かなくなる。
かなり注意しないといけない。
あとpythonのcsvモジュールの書き込みの初期設定がなぜかCR/LF(\r\n)になっているらしいのでこれをLF(\n)に変更しておくほうがいい。
outfile = open('./temp/exp_list.txt', 'w') outtsv = csv.writer(outfile, delimiter='\t', lineterminator='\n') for record in genes.all(): outtsv.writerow([record.gene_id]) outfile.close()
これで落としてきたファイルをそのままコマンドに流せるようになる。