kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

SQLとBLASTの連携

まず、SQLで抽出された遺伝子のIDを元にtranscriptのFASTAファイルから配列を抽出。
抽出した配列をfasta形式で一時保存し、Arabidopsisの遺伝子データベースに対してtblastxでサーチ。
結果をwebに表示。

こんな流れを構築した。
https://pypi.python.org/pypi/biopython/1.70
https://qiita.com/MaedaTaro_Umiushi/items/06f9d847ba025c175547