そのうえでlinuxbrewを入れてしまえば、ほぼ問題なく殆どの環境が構築できてしまった。
http://linuxbrew.sh
Linuxbrewのインストール方法は上のサイトのままでOK
幾つかのソフトは
$ brew tap brewsci/science
$ brew tap brewsci/bio
でリポジトリを追加した上でinstallする必要があったが。
あとjavaSEは直接ファイルをダウンロードして、展開してやる必要があった。
HISAT2とFastQCはperlを要求するので、perlもbrewで入れた。その結果HISAT2は無事使えるようになったが、FastQCは
$ fastqc -bash: /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/fastqc: /usr/bin/perl: 誤ったインタプリタです: そのようなファイルやディレクトリはありません
というエラーが出る。
/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/perlから/usr/binにリンクを張ってみたが
$ fastqc perl: warning: Setting locale failed. perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LANG = "ja_JP.UTF-8" are supported and installed on your system. perl: warning: Falling back to the standard locale ("C"). Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it. at java.desktop/java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:208) at java.desktop/java.awt.Window.<init>(Window.java:548) at java.desktop/java.awt.Frame.<init>(Frame.java:423) at java.desktop/java.awt.Frame.<init>(Frame.java:388) at java.desktop/javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:180) at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63) at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)
こんな表示が出るな。これじゃ駄目かな?