アノテーションファイルと解析結果のファイルで書式が結構違っていて、検索プログラムでうまくリンクしてくれない。そこで、テキストの整形、変換をいろいろと行うのでそのメモ
大文字を小文字に
AT1G12345をat1g12345に置き換えるには
$ cat text.txt | tr '[:upper:]' '[:lower:]' > test1.txt
AT1G12345をAt1g12345に置き換えるなら
$ cat text.txt | tr '[:upper:]' '[:lower:]' | sed -e "s/at/At/" > text2.txt
こんな2段構えが簡単かな。
sed もしくは awkで正規表現を使って大文字、小文字を置換する方法もあるようだが、書式が結構面倒なので、スクリプトに仕立てるなら有りだけど、ちょっとした変換ならかえって面倒かな。
