ということでjavascriptベースの他の選択肢もあたってみたい。
pileup.js
http://www.hammerlab.org/pileup/
これはシンプルでいいかもしれないな。
しかしnpmというパッケージシステムでインストールする？Node.jsってなに？また新しいことをいろいろ覚えないとならないのかね。
genomicviz
https://github.com/akmorrow13/genomicviz
pileup.jsをpythonに埋め込んでる？
biodalliance
http://www.biodalliance.org
これいいんじゃない？
そもそもIGV.jsでうまく表示されないのはBAMファイルからbedtools intersectでデータを処理したあとなんだが、bedtoolsの処理に問題があってBAMファイルがおかしくなっているんじゃないかな。
その点を調査してみよう。
