kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

multi fastaファイルを1遺伝子ごとのファイルに分割するには

multi fastaファイルを1個ずつのfastaに分割したい。
まずはfastaのseq部分の改行をなくす

$ awk -v ORS= '/^>/ { $0 = (NR==1 ? "" : RS) $0 RS } END { printf RS }1' fasta.txt > fasta_awk.txt

次にfastaを2行ごとに分割。多数のファイルが同じ階層にできるので、対象のmultifastaファイルと共に新しいフォルダに入れておく。

$ split -l 2 fasta_awk.txt