シークエンスファイルとかfastaファイルとかMacのApEとかで開いてどうにかするのがだんだん億劫になってきた。
pythonでどうにかあんなことやこんなことができないかと調査中
まあこんなモジュールでも使えばどうにかなりそうな感じ。
引き続き使い方を調査だ。
ところで企業再編の嵐が吹き荒れた結果、Applied BiosystemsもThermoFisherグループに組み込まれちゃったんだな。
キャピラリーシークエンサーが登場したときはすげーもんが出てきたもんだと・・・年がバレる。
そういえば昔は"ABI"って呼んでたよな。ABI Prism 310とかって。Iってなんだったんだ？Industory?
Incか。今どきの若者はABIとか呼ばないのかな。だってIncとしては存在してないからな。
さて、モジュールを早速使ってみよう。
$ python3
Python 3.6.1 (v3.6.1:69c0db5050, Mar 21 2017, 01:21:04)
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5666) (dot 3)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from abifpy import Trace
>>> test = Trace('good_example_control.ab1')
>>> test.seq
'NNNNNNGGGGCATCCTGTGTTCTACCTGGCACCTGTCCCCATAGAAATGAGCGTGAGTGCCCGGGATCTGCTGCGGGGCTGTGCTGGGCTCTTTCTCAGCCTGGCCCGAAGTTTCCAGATCTGATTGAGCGAGAGAGCAGCAGGACCTGCCCCTCTGCTGGGCTCTTACCTTCGCGGCACTCGCCACTGCCCAGCAGCAGGTGAGGCCCAACACAACCAGTTGCAGGCGCCCCATGGTGAGCATCAGCCTCTGGGTGGCCCTCCCTCTGGGCCTCGGGTATTTATGGAGCTGGATCCAAGGTCACATGCTTGTTCATGAGCTCTCAGGCA'なるほどabifpyからTraceを読み込んでおいてtestオブジェクトににab1ファイルのデータを並べて記述、という感じなのかな。
>>> test.qual "&%&'''*+*11.4JKIP>_UOPABKYPRDA?P_\\__\\__L:W\\L\\_HAW\\R\\\\OW_\\\\\\\\_\\WWY\\M_\\\\\\\\WT\\___\\_________\\__WRRW_\\\\ORRRRK___\\_YS____\\\\Y_\\________\\___\\_\\_\\__\\___RBW______W___________KWWRW_RR_\\___\\_\\__\\__\\\\\\\\\\______\\__\\_\\_WWKW___\\_Y_\\\\W_\\_____\\\\_YS__W_\\\\_\\OW_Y_\\__\\CW_YWW__WY____\\Y833)2-_______\\\\YDW_____W__\\____W___\\_____\\_\\__WW____RLY>G<(2R\\_\\3A=3"
これの意味するところはなんだろか。
asciiコードなのか。
51 3 71 G 91 [ 111 o
52 4 72 H 92 \ 112 p
33 ! 53 5 73 I 93 ] 113 q
34 " 54 6 74 J 94 ^ 114 r
35 # 55 7 75 K 95 _ 115 s
36 $ 56 8 76 L 96 ` 116 t
37 % 57 9 77 M 97 a 117 u
38 & 58 : 78 N 98 b 118 v
39 ' 59 ; 79 O 99 c 119 w
40 ( 60 < 80 P 100 d 120 x
41 ) 61 = 81 Q 101 e 121 y
42 * 62 > 82 R 102 f 122 z
43 + 63 ? 83 S 103 g 123 {
44 , 64 @ 84 T 104 h 124 |
45 - 65 A 85 U 105 i 125 }
46 . 66 B 86 V 106 j 126 ~
47 / 67 C 87 W 107 k
48 0 68 D 88 X 108 l
49 1 69 E 89 Y 109 m
50 2 70 F 90 Z 110 nで、ASCII code=Q+33なので、
>>> test.qual_val [5, 4, 5, 6, 6, 6, 9, 10, 9, 16, 16, 13, 19, 41, 42, 40, 47, 29, 62, 52, 46, 47, 32, 33, 42, 56, 47, 49, 35, 32, 30, 47, 62, 59, 62, 62, 59, 62, 62, 43, 25, 54, 59, 43, 59, 62, 39, 32, 54, 59, 49, 59, 59, 46, 54, 62,・・・・
とこんな感じになるのだな。
>>> test.data['well'] 'E10' >>> test.data['model'] '3730' >>> test.data['run start date'] datetime.date(2017, 9, 6)
この辺はシークエンサーの情報や、作業日時など
