kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2006-12-19から1日間の記事一覧

系統樹を作成

その1 TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html ここで配布されているがMac版はずいぶん更新されていないしOSXでは使えない。(classic環境ではOK) OSXで使えるtreeviewは http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7Erpage/treeviewx/down…

アライメントした配列をfigureにするには

その1 テキストファイルでアスタリスクなどを用いて表記する clustal形式をそのまま固定ピッチフォント(osaka等幅やcourier)でペーストするだけでおしまい。 その2 グラフィカルなアライメントを作る。 このページ参考になります→http://www.haide.net/~…

アミノ酸アライメントについて

その1 DDBJのウェブツールを使う http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/clustalw-j.html CLUSTALW1.83 FASTA形式のファイルを指定、もしくはペーストする。 FASTA形式 >配列名 MAISIVLH...... >配列名 MSKINVAL....... Tree,BOOTSTRAP NJ 法 (近隣結合法)によ…