kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2017-05-17から1日間の記事一覧

D&Dの挙動

引数としてファイルをD&Dした場合 dd_test.sh #!/bin/sh dd_data=$@ echo $dd_datahoge1.txtというファイルをD&D $ dd_test.sh '/home/hogehoge/hoge1.txt' /home/hogehoge/hoge1.txt' 'なしで返ってくる 途中でreadコマンドで読み込む場合 dd_test1.sh #!/b…

RNAseqパイプラインをLinux(CentOS7)に移植

さて、手元のMacで一通りパイプラインが流れることがわかったので、Linuxなクラスタサーバで同じように動くように移植する。Linuxにはすでにsamtoolsは入っているようだがtophat,bowtie,cufflinks,FastQC,fastx-toolsが入ってないようだ。 一般ユーザ権限し…