kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2017-05-23から1日間の記事一覧

RNAseqデータの解析 RでcummeRbundその2

サンプル間で有意な遺伝子発現の差(p > mySigMatrix <- sigMatrix(cuff, level = 'genes', alpha = 0.05) > mySigMatrix > library("psych") > setwd("/Users/hogehoge/expression/cuffdiff_results") > cuff_data <- read.table('/Users/hogehoge/expressi…

RNAseq ペアエンドのマッピング

2つのfastqファイルを投げるため、引数で読み込むのは面倒くさいのでスクリプト途中で読み込ませる方向で #!/bin/sh #アノテーション情報を含むgtfファイル read -p "annotation infomation (full path) = " gtf #リファレンスファイルの指定 read -p "refer…