今更感はありありなのだけれど、実は参考にしようとしていたGA4GHのAPIはIGVのJavascript版IGV.JSを使っているのだね。 https://igv.org/doc/doc.html そうすると こんな感じにBAMだろうとなんだろうとIGV同様に読み込めるわけだ。ついでにいうとこのデモペ…

ここに来てプロジェクトが打ち切られることになってしまった。なんか中途半端で不完全燃焼だがやむをえまい。 まだまだ完成するまでには実装すべき項目が残っているが、あとは出来る限りの取りまとめをしておくくらいしかない。ユーザー認証は安全な運用に欠…

Cufflinksに近いプログラムStringTieをHisat2でマッピングしたRNA-seqデータに使う。 Cufflinksにくらべて It uses a novel network flow algorithm as well as an optional de novo assembly step to assemble and quantitate full-length transcripts repr…

Suggested adapter sequences are provided for TruSeq2 (as used in GAII machines) and TruSeq3 (as used by HiSeq and MiSeq machines), for both single-end and paired-end mode. とあるので、HiseqでシークエンスしたデータはTruSeq3のアダプター配列…