kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2018-01-16から1日間の記事一覧

JBrowse

JBrowseのインストールについてhttp://koke.asrc.kanazawa-u.ac.jp/HOWTO/JBrowse.htmlとりあえずダウンロードして展開までやった。setupしようとしたら please make sure that at least ExtUtils::MakeMaker is installed と怒られた。perlのモジュールをイ…

文字列内に変数を展開してコマンドを投げる。

Pythonからshellスクリプトを実行するとして、shellに変数を渡したいときはどうすればいいのか? cmd = "ls /data/file/folder/*/*.bam > list.txt" subprocess.call(cmd, shell=True)この/data/file/folder/*/*.bamをPythonから引数として渡したい。 そうい…

リンクファイルを自動で作成するスクリプト

まずリンク元のファイルをlsで列挙する ls /data/file/folder/*/*.bam > list.txtつぎにsedで行頭に'ln -s'をくっつける sed -e "s/^/ln -s /" list.txt >list_tmp.txtファイル名だけを取り出して列記する ls /data/file/folder/*/*.bam | xargs -i basename…

Blueprintを使っているページでconfigを呼び出す

Flaskのお作法では config.pyで設定を定義しておいて UPLOAD_FOLDER = '/User/hogehoge/'__init__.pyで app = Flask(__name__) app.config.from_object('app.config')とやっておくと、メインなプログラム中で app.config['UPLOAD_FOLDER']という感じで使いま…