とりあえずちゃんとできているArabidopsisで使っているファイルを見てみると マッピングに使うリファレンス：Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa （IGVのreferenceにもそのまま使う） $ head Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa >1 dna:…

イネやアラビはゲノムデータが充実していて定法通りでNGSデータをマッピングできるのだけど、それ以外の植物だとどうだろう。 タバコ属植物Nicotiana benthamianaの場合、ゲノムがきちんと解析完了しているわけではなく、いまだcontig情報の塊でしかない。 t…