さて、データにアノテーションを付けていく作業はvcfでやるのが効率的なのだけど、これを視覚的にわかりやすく提示するにはちょっとごちゃごちゃしすぎているので、これをtext抽出してSQLに入れてやることにする。INFOやsampleカラムには複数の情報が詰まっ…

昨日の作業でsnpにアノテーションを付けたわけだが、snpデータを複数のcontrolサンプルからのデータにしたほうがいいかもしれない、と思い、vcfをmergeしてアノテーションをつけなおすことにした。複数サンプルのvcfをマージする方法はvcf-mergeを使うことに…

さて、無事samtools mpileup | bcftools callにてsnv callingが実施できたところで、これを解析するためのアノテーションをつけようと思う。 今回は自前で用意したcontrolのサンプルで検出されたsnp/indelをバックグラウンドのSNVとして対象のvcfにマーキン…