kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2018-03-27から1日間の記事一覧

DDBJのスパコンで解析したデータをGCEから利用

GCE

DDBJの利用規定を見る限り問題ないように思うのだが、DDBJスパコンで解析したデータをGCEにおいたWEBアプリから参照してデータベース解析を出先からでも行えるようにしてみた。nfsでマウントできればそれに越したことはないのだが、DDBJのほうが想定していな…

sshの活用

https://qiita.com/ik-fib/items/0af46a19e3083bb0325e まだまだ使いこなせてなかった技が色々。手始めにDDBJのスパコンのUGEのモニタリングを行うqmonを試す。 これはsshでアクセスする際に-Yオプションを付けておくだけでよい。 $ ssh -y gw2.ddbj.nig.ac.…

BLASTとの連携

生物種間で発現を比較しようとすると、アノテーションデータベースで橋渡ししてデータを見るということになるわけだが、アノテーションにはどうしても限界がある。 例えば生物Aで発現変動が見られた遺伝子について、生物Bでの発現を見る分にはアノテーション…