kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2020-06-23から1日間の記事一覧

cDNA FASTAファイルから最長ORFを抽出し、5'UTR/CDS/3'UTRに分割してそれぞれのFASTAファイルを作成する(改訂版)

#DNA FASTAファイルから最長のORFを抽出し5UTR,CDS,3UTRに分割して保存する。 import sys, os, re from Bio import SeqIO from Bio.Alphabet import IUPAC from Bio.Seq import Seq fasta_file = sys.argv[1] faname = os.path.basename(fasta_file) fdir …