QRコード生成をFlaskのwebアプリから行ってみる。 2つのパターンを想定。 前もってデータベースのIDごとのQRコードを生成。 データベースの1エントリーからQRコードを生成。 from functools import wraps from flask import request, redirect, url_for, ren…

ラボの物品や実験植物の管理をやりたい。 サーバにデータを置いておいて、WEBアプリで管理できるようにし、物品をQRコードで紐づけておく。物品にそのQRコードを貼り付けておいて、スマホカメラで見ると、WEBに飛んでその場でデータを編集、statusを変更など…

続き次にanacondaを入れる 最初普通にanacondaのサイトからインストーラをダウンロードしてきて $ bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.shとインストールしてtensorflowをpipで入れて・・・とやってみたのだが、glibcのバージョンがCentOS7では2.17、tensorfl…

これまでPCAやMDSをやりたいときはRを使っていた。しかしRはどうも肌に合わない。すぐ忘れてしまう。 ということでここはやはりPythonですね、ってことでどうやるのか調べてみた。【python】pca、mds、nmds、tsneとmatplotlibでデータの可視化をしてみる - …

CRISPRで編集がかかったと思われるT0サンプルのゲノムをシークエンスすると、変異は２本の染色体にランダムに起こるため、基本的にはヘテロとなってシークエンスデータの波形が２つ分重なって検出されることになるのは先日に書いたとおり。 これをパズルのよ…

モチーフの抽出ができたらそれが一体どこにあるのか列記したい。 import re text = """GACTTTAGATGGCTTCTTCCTTTATAACCAATTGATATTGCATACTCTGATGAGATTTAT AATTAAAGAAGCAGAAACAAAAACAAGTAAAACAGAAACAATCAACACAGAGAAACCACC CCGAGAATATCTCCATTGGTTGGTGACTGATATCCC…

いやーはまったはまった。 ラズパイ３で作ったwebカメラアプリを3+に入れてやったところ、ほんの数ヶ月の間にソフトウェアの構成がかなり変わったらしく、いろいろ言うことを聞かない。 最後まで手こずったのはタイムラプスで撮った写真をパラパラ漫画的にビ…

要するに文章からよく出てくる単語をピックアップしてカウントし、リストを作れれば良い。 辞書型を使って単語を数えるプログラムはpythonのプログラム例としてよく上がっているが、単語の区切りが明確でない遺伝子配列のような文字列から指定文字数の連続し…

どうもややこしくていけないのだが、systemに入っているpython は2.6とかなりふるい目。なので自前でpython3を入れて使いたいわけだが バージョンの使い分けにpyenvというものがある。更にはvirtualenvというものもある。 しかしよく考えると、バージョンを…

とりあえずグラフの描写を試してみる。 >>> import matplotlib.pyplot as plt >>> import random >>> fig, ax = plt.subplots() >>> ax.set_title(u'Random') Text(0.5,1,'Random') >>> x_ax = range(1, 256) >>> y_ax = [random.randint(512,1024) for x in…

matplotlibでグラフを描画するプログラムの中でcStringIOというモジュールが使われているのだけれど、Python3のモジュールには該当するものが見つからない。で、調べてみるとPython3では標準モジュールのioにStringIOが含まれているので from io import Stri…

https://stackoverflow.com/questions/35540885/display-the-contents-of-a-log-file-as-it-is-updated ここに出ているテクニックが使えそうなんだけど、肝心のFlaskの動作ログを開こうとすると固まってしまう。

あるテーブルから別のテーブルに内容をコピーしたいとき q = session.query(Test.id, Test.samp, Test.gene, Test.zygo, Test.count, Test.z_id) ins = insert(Test_temp).from_select( (Test_temp.id, Test_temp.samp, Test_temp.gene, Test_temp.zygo, Tes…

まず、お気楽にプログラム中に print('===============') print('process complete') print('===============')みたいな行を挟みまくって標準出力に表示させていたわけだが、 これだとプログラムを走らせているウインドウをずっと見ておかないとならないわけ…

黙々とデバッグ＆コードの整理を行っているわけだが・・・コードをツギハギで書いていると from sqlalchemy import func from sqlalchemy.sql import func from sqlalchemy.sql.expression import func と同じfuncを３箇所からimportしていたりする。これら…

Pythonからshellスクリプトを実行するとして、shellに変数を渡したいときはどうすればいいのか？ cmd = "ls /data/file/folder/*/*.bam > list.txt" subprocess.call(cmd, shell=True)この/data/file/folder/*/*.bamをPythonから引数として渡したい。 そうい…

Flaskのお作法では config.pyで設定を定義しておいて UPLOAD_FOLDER = '/User/hogehoge/'__init__.pyで app = Flask(__name__) app.config.from_object('app.config')とやっておくと、メインなプログラム中で app.config['UPLOAD_FOLDER']という感じで使いま…

sample = session.query(Samples) if form.back_drop.data: outfile = open('samples.txt', 'w') outtsv = csv.writer(outfile, delimiter='\t') for record in sample.all(): outtsv.writerow([record.id, record.samplename, record.phenotype, record.alt…

まずはcsvファイルをサーバにアップロードする手順から。 当初Flask-wtfからファイルをアップロードさせようと思っていたが、思いの外要領を得ないため、素のFlaskでまずは構築してみる。 http://flask.pocoo.org/docs/0.12/patterns/fileuploads/ ここを参…

https://qiita.com/ekzemplaro/items/a570f79de254428a151d こんどはこのページを参考に進める。まずはFlaskのアプリを適当に作成。 foovar.py from flask import Flask app = Flask(__name__) @app.route("/") def hello(): return "Hello World!" if __nam…

https://qiita.com/mykysyk@github/items/3ebbd5a787fdbefaf5e8 ここの情報に従ってまずは必要なものをインストールしていく。 ここまでのインストールでepelの部分は入っているようなので yum install nginx --enablerepo=epelflaskはすでに入れたので飛ば…

Python3が入ってないし。 https://weblabo.oscasierra.net/python3-centos7-yum-install/ を参考にPython3のインストールから。 # yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm3.6系を入れることにする # yum install -y python36u pyt…

Macローカルで初期画面をロードしてから、すぐにデータベースを開く操作をしてみるとSQLite版 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:29] "GET / HTTP/1.1" 200 - elapsed_time:0.0034799575805664062[sec] 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:36] "GET /exome/ H…

自分で作成したアプリを自分の環境において使う分にはコマンド操作で全然問題ないが、人にわたして使ってもらうとなると モジュール等揃えてインストールしてもらって・・・となかなかハードルが高くなる。 なので簡単にデスクトップアプリ化できるならそれ…

詳細検索画面の初期設定で検索キーワードを入れて検索をする動作を自動化する。 https://www.google.co.jp/advanced_search?q= たとえば上の検索は https://www.google.co.jp/search?as_q=Python+Flask+SQLAlchemy+k-kuro&as_epq=&as_oq=&as_eq=&as_nlo=&as_…

import requests r = requests.get('http://www.google.co.jp/search?as_q=キーワード１+キーワード２・・・・') r.textとりあえずこれだけで検索の結果のhtmlファイルが得られる。なので import csv with open('some.csv', 'r') as f: reader = csv.reader(…

https://qiita.com/petitviolet/items/64965e9ba236ebbdd37fhttps://qiita.com/yukiB/items/d6a70da802cb5731dc01

import glob import csv import os def cat_input_files(lst): for f in lst: with open(f, 'r') as inp: reader = csv.reader(inp, delimiter='\t') next(reader) for row in reader: with open('./temp/temp.txt', 'a') as oup: writer = csv.writer(oup, …

#!/bin/sh #ls /target/multiannovar/filtered/files > list.txt #list.txtを引数として # $ sh ./input_files.sh list.txt mkdir -p ./temp filename=$1 for line in `cat ${filename}` do fname="${line##*/}" #ファイルからヘッダ行を除く sed -e '1d' $l…

lsをPythonで書くなら ls.py import os import sys # モジュール属性 argv を取得するため argvs = sys.argv # コマンドライン引数を格納したリストの取得 argc = len(argvs) # 引数の個数 if (argc != 2): # 引数が足りない場合は、その旨を表示 print('Err…