分子生物学に役立つフリーウェア EnzymeX 3.1

ちょっと仕事が一段落して次の仕事を模索中なんだが、塩基配列データを眺めていて飽きてきたので仕事に役立つとおぼしきソフトをいろいろ漁ってみた。

まずはEnzymeX。このソフトは以前は制限酵素のデータベース的ソフトだったんだけど、バージョンがあがって塩基配列中の制限酵素サイトを調べたり、ORFを探して翻訳したりと、ちょっとした遺伝子解析ソフトに成長していた。昔Genetyx Macでやっていたようなちょっとした作業がこれだけでできるようになっていてちょっと感動。プラスミドのコンストラクションをするくらいならこれ一つでなんとかなりそうな感じである。

起動するとこんなウィンドウが開く。配列ファイルを直接開いたり、新しいファイルを作ることができる。

某遺伝子のファイルを開いたところ。左側にサイトのある制限酵素が一覧され、項目をクリックすると位置や酵素の情報等が表示される。

アミノ酸に翻訳させてみた。

制限酵素サイトを一覧するウィンドウ。制限酵素サイトは任意の物を選択して探すこともできる。

そのほか下にあるボタン群で以前のバージョン同様double digestionの推奨バッファーを表示したりできる。結構使えるソフトに仕上がってるんじゃないだろうか。

分子生物学に役立つフリーウェア BioX / eBiotools

これはかなりな大物ソフト。Appleのサイトからもリンクされている。

この様に制限酵素サイトの検索やアミノ酸への翻訳、complementary seqの作成、アライメントと一通りgenetyxでできるようなことはできるんだが、このソフトの真骨頂はEMBOSSのツール群を内包していてGUIラウンチャーとして機能する点にある。（といいながらじつはEMBOSSをどうやって使ったらいいのかわかっていないのでこれから調査予定。）

追加でwwwBLASTをインストールするとBLAST検索さえローカルでできてしまうという・・・

ちょっと使いこなすには情報を集めないと何とも・・・

分子生物学に役立つフリーウェア ApE

このソフトも同じような機能を一通り装備している。機能的にはEnzymeXよりもGenetyxに近い。eBiotoolsはなかなか使いこなせそうにないけど、このソフトで十分な気がしてきた。

アライメントもこの通り。まあアライメントはCLUSTAL Wをウェブ経由で使った方が確実かもしれないが。

そのほかいろいろやってみた。プラスミドマップとかも描けていい感じ。こりゃこのソフトがメインでいいんじゃないかいな。