顕微鏡で写真を取るとき、広い範囲を撮影したければ、低倍率のレンズを使えばよいとは限らない。
低倍率レンズはフォーカスの深度が深いので、余計な部分にもピントが合うというか全体的にぼやけたようにしか写らない場合が多い。そんな時は高倍率で撮影した画像をつなぎあわせて使いたい。
当初パワポに画像を並べて重ねあわせてやっていたのだが、６〜８枚のつなぎ合わせを50個体とかやりだすととてもじゃないけど面倒すぎ。
というわけで自動でつなげるアプリケーションがないだろうかと探したところ、最近のphotoshopでできるらしいことがわかった。でも持ってないしね。
絶対ImageJでできるPluginがあるはずだとおもい、探してみるとやっぱりあった。その名もMosaicJ。
http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/mosaicj/
定法通りpluginsフォルダに入れてImageJを再起動したら使えるようになる。
メニューバー→PluginsからMosaicJを選ぶとドカンとでかいウィンドウが開く。
File→Open Image...とすすむとファイルを選択できる。ただしこのメニューで複数画像をまとめて選択できない。
1枚ずつ追加していくしかない。
もしくは Open Image Sequence...を選べば、フォルダごと選択できる。繋げたいファイルを1つのフォルダに予め入れておくほうが良いかもしれない。
下のカラムに選択した画像が並び、クリックをすると上のカラムに移動する。上のカラムで画像を大まかに重ねあわせて配置してFile→Create Mosaicを選ぶと自動で画像を解析してつなぎあわせたものが新しいウインドウに表示される。
そのまま閉じると保存されないので、フォーマットを選択して保存しておかねばならない。
