cufflinksの結果をcuffmergeで統合し、cuffdiffでサンプル間のFPKMを比較するところまで自動化
cuffmerge_diffスクリプト
#!/bin/sh #tophat_resultsディレクトリを引数として実行 # cd "$@" ls */*/transcripts.gtf > transcripts.gtf.txt #アノテーション情報を含むgtfファイル read -p "annotation infomation (full path) = " gtf #リファレンスファイルの指定 read -p "reference file (full path) = " ref echo "アノテーション情報は"$gtf"" echo "リファレンスファイルは"$ref"" read -p "Label name for samples (separated by ,) = " label_name bams='*/*th.bam' cuffmerge -p 4 -o fpkm_compare -g "$gtf" -s "$ref" transcripts.gtf.txt cuffdiff -p 4 --upper-quartile-norm -o cuffdiff_result -L "$label_name" fpkm_compare/merged.gtf $bams
cuffmerge_diffの後ろにtophat_resultsフォルダをD&Dしてリターンするだけ。
bamファイルを投入するところ、＊を使っているが、ソートされる順番を考慮に入れてLabel nameを並べておく必要あり。ここはcsvファイルか何かを参照して投入するように仕様変更すべき。
最終的には以下のようにファイルが生成されることになる。
working dir |-sample1.fastq |-sample2.fastq |-sample3.fastq |- . |- . |-FastQC | |-sample1_fastqc.html | |-sample1_fastqc.zip | |-sample2_fastqc.html | |-sample2_fastqc.zip | |-sample3_fastqc.html | |-sample3_fastqc.zip | |- . | |- . | |-trimmed | |-sample1_trim_fastqc.html | |-sample1_trim_fastqc.zip | |-sample2_trim_fastqc.html | |-sample2_trim_fastqc.zip | |-sample3_trim_fastqc.html | |-sample3_trim_fastqc.zip | |- . | |- . |-trimmed | |-sample1_trim_fastq | |-sample2_trim_fastq | |-sample3_trim_fastq | |- . | |- . |-tophat_results |-cuffdiff_result | |-bias_params.info | |-cds_exp.diff | |-cds.count_tracking | |-cds.diff | |-cds.fpkm_tracking | |-cds.read_group_tracking | |-gene_exp.diff | |-genes.count_tracking | |-genes.fpkm_tracking | |-genes.read_group_tracking | |-isoform_exp.diff | |-isoforms.count_tracking | |-isoforms.fpkm_tracking | |-isoforms.read_group_tracking | |-promoters.diff | |-read_groups.info | |-run.info | |-splicing.diff | |-tss_group_exp.diff | |-tss_groups.count_tracking | |-tss_groups.fpkm_tracking | |-tss_groups.read_group_tracking | |-var_model.info |-sample1_trim | |-align_summary.txt | |-cufflinks_results | | |-genes.fpkm_tracking | | |-isoforms,gtf | | |-skipped.gtf | | |-transcripts.gtf | |-deletions,bed | |-sample1_trim_th.bam | |-insertions.bed | |-junctions.bed | |-logs | |- . | |- . | |-prep_reads.info | |-unmapped.bam |-sample2_trim | |- . | |- . |-sample3_trim | |- . | |- . |- . |- . |-fpkm_compare | |-logs | | |- . | | |- . | |-merged.gtf |-transcripts.gtf.txt
working_dir/tophat_results/cuffdiff_resultが最終的に解析されたデータの格納されるディレクトリとなる。
R(cummeRbund)でグラフにして評価に用いる。
