リアライメント
ほぼ「教本」通りで完走。
モディファイした点は
-Xmx4gのところを-Xms2g -Xmx2gと減らした
samtools indexはやらなくてもbaiを作ってくれているような？
RealignerTargetCreatorは-nt 12とスレッドの並列化オプションが使える模様
IndelRealignerはSG(scatter-gather)タイプの並列化が実装されている？→これは自動的に行われているのか？
お作法としてはやはりqsubでスクリプトを投げるときに#$ -pe def_slot 12とリソースを確保してやる。
メモリの確保も必要だが、#$ -l s_vmem=8G,mem_req=8Gとか欲張るとリソースの空きが見つからずに延々qwで待たされるから
スロットを多く取るならメモリは5.3G以下が無難だろうな。
しかしまあ、ツールごとに並列化の対応がまちまちだと、パイプラインとして一気にqsubでかけようとするとスロットとメモリの確保の仕方が一定にならないので困りものだな。
手間でも別スクリプトにして順番にかけるようにするか、最も要求の高いところに合わせて確保してしまうか。
