一通り最後までできるようになったので、時間を測りながら一気に流してみたい。
解析に用いるファイルはfastq.gzの状態で4.5Gと4.6Gのサイズである。
qsubのオプションで -pe def_slot 16として１６スロット確保。
FastQCはそれぞれ８スロットでペアを同時に走らせたところ6min59secで終了した。
続いてTrimmomaticは16スロットで-Xms2g -Xmx2gで実行し43min32secかかった。結構かかってるよな。
trimming後のQCは6min40secで終了。
bwaは16スロットではやはりcore吐いて落ちる。12でもだめで8だといける。デフォルトの-v 3ではログが大量すぎるので、うまく走るようになったら-v 1か2くらいに落としてもいいだろう。
