リレーションを張ってテーブルを結合したとき、普通にメインテーブルのカラムでfilterするときは特に変わりがないが、結合先のカラムでfilterするときはちょっと工夫がいる。
session = Session() q = session.query(Test) q = q.filter(Test.sample == "N001") q = q.filter(Test.id == User_comments.id).filter(User_comments.user1_comments == "test1")
このように繋いだテーブルのidが等しいというfilterを追加する必要がある。