BAMファイルの一部分を切り取ってサイズの小さいBAMファイルを作ってみる。
(デモンストレーション用にコンパクトにしておく)
$ samtools view -h -b 0123.bam 4:1-10000000 > 0123_4.bam
これで0123.bamのchr4の1から10000000の領域を切り出してあらたなbamファイルに仕立てる。
baiファイルは
$ samtools index 0123_4.bam
として生成。igvで表示できることを確認。
同じように複数の部分を切り出した上で、0123m.bamというファイルに結合
samtools merge 0123m.bam 0123_4.bam 0123_5.bam
これはうまくできてないな。igvで表示できないわ。