kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

BAMファイルを分割、結合

BAMファイルの一部分を切り取ってサイズの小さいBAMファイルを作ってみる。
(デモンストレーション用にコンパクトにしておく)

$ samtools view -h -b 0123.bam 4:1-10000000 > 0123_4.bam

これで0123.bamのchr4の1から10000000の領域を切り出してあらたなbamファイルに仕立てる。
baiファイルは

$ samtools index 0123_4.bam

として生成。igvで表示できることを確認。

同じように複数の部分を切り出した上で、0123m.bamというファイルに結合

samtools merge 0123m.bam 0123_4.bam 0123_5.bam 

これはうまくできてないな。igvで表示できないわ。